Mikroflora jelitowa może mieć potencjalny wpływ na rozwój otyłości. Badania z ostatnich lat wskazują na różnice dotyczące składu mikroflory jelitowej osób szczupłych w porównaniu z otyłymi. Nie są dobrze poznane związki pomiędzy metabolizmem bakterii jelitowych, przewlekłym stanem zapalnym nabłonka jelitowego a stosowaną dietą. Istotne jest ustalenie, czy zmiana mikroflory jelitowej może stanowić jeden z celów leczenia żywieniowego lub farmakologicznego w przypadku osób z otyłością i jej powikłaniami, takimi jak cukrzyca typu 2 czy choroby sercowo-naczyniowe.